El complejo portuario utiliza equipamentos de tecnología avanzada, utilizados en los puertos más modernos del mundo, de entre ellos "Portcontenedores y Transcontenedores", además de instalaciones para contenedores reefers. El Puerto de Navegantes se especializará en operación de contenedores, con énfasis en carga frigorífica. Cuando sean concluídas las fases, el puerto tendrá capacidad de movilizar 1 millón de TEUs, por año.