Um dos requisitos da política do Sistema de Gestão Integrado da Portonave é a preservação do meio ambiente e a minimização dos impactos ambientais. Com uma equipe de Gestão Ambiental própria, formada por Engenheiros e Técnicos Ambientais, é realizada uma série de programas e monitoramentos ambientais.
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O programa de monitoramento da qualidade do ar tem como objetivo identificar as emissões atmosféricas resultantes principalmente, da queima de combustíveis fósseis. A geração de pós e poeiras também é uma preocupação da gestão ambiental da Portonave.
Para gerenciar as emissões atmosféricas na Portonave, são realizadas pela equipe de Meio Ambiente com equipamentos de última tecnologia medições de CO (Monóxido de carbono), NOx (Óxido de Nitrogênio) e enegrecimento de fumaça diretamente no escapamento dos caminhões de terceiros que acessam o Terminal Portuário de Navegantes. A frota interna de máquinas e veículos da Portonave também passa por essa avaliação que tem periodicidade diária. Quando os veículos de terceiros ultrapassam os limites de emissões atmosféricas, os proprietários são notificados e orientados a realizar os ajustes mecânicos necessários.
A poeira gerada pela movimentação de caminhões e equipamentos na área da Portonave também é avaliada por meio de técnicas de amostragem do ar. Os resultados são compilados e ações de prevenção e correção são tomadas sempre que identificado o excesso de poeiras no ar.
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Todos os resíduos gerados na Portonave são segregados e acondicionados em contentores específicos. Os resíduos passíveis de reciclagem são enviados para unidades de triagem e reciclagem da região.
Os resíduos perigosos, como estopas contaminadas com óleo, filtros de óleo, filtros de combustível, pilhas e baterias, são destinados corretamente para locais de descontaminação e aterros industriais de classe I, devidamente licenciados para esse fim. As lâmpadas fluorescentes, com vapor de sódio e mercúrio, são descontaminadas e os vidros resultantes do processo são enviados para reciclagem.
Os resíduos oleosos gerados na Portonave são acondicionados corretamente e enviados para empresas devidamente licenciadas que realizam o re-refino dos fluídos.
Os resíduos são quantificados mensalmente em recicláveis, não recicláveis e perigosos e os dados são enviados para o órgão ambiental estadual em relatórios técnicos. As empresas de destinação final fornecem os CDF (certificado de destinação final) para cada tipo de resíduo, com isso é possível rastrear a produção deles na Portonave.
O programa de monitoramento de ruído visa identificar a geração do ruído proveniente das operações portuárias e minimizar o impacto ambiental às comunidades vizinhas. Mensalmente um técnico da gestão ambiental realiza o monitoramento de ruído em todo o perímetro da Portonave. As máquinas e equipamentos portuários também passam por uma avaliação semanal para garantir que o ruído gerado não gere incomodo para a comunidade circunvizinha.
O programa de monitoramento da água potável atende ao disposto pela Resolução RDC nº 72 de 29 de dezembro de 2009 da ANVISA (Agência Nacional de Vigilância Sanitária). Mensalmente, a água ofertada na Portonave é analisada por um laboratório especializado para atestar sua potabilidade. Diariamente, um técnico da gestão ambiental realiza verificação dos níveis de cloro na água, isso garante a qualidade do líquido e a saúde daqueles que a consomem.
A estação de tratamento de efluentes trata 100% dos resíduos sanitários gerados na Portonave e devolve ao Rio Itajaí-Açu um efluente dentro dos padrões exigidos pela legislação ambiental. Seu monitoramento é realizado diariamente por um técnico da gestão ambiental. O restante da água usada na lavação de equipamentos da empresa passa por um sistema de tratamento que possibilita o reuso desta água, contribuindo para a economia de recursos naturais.
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O programa de recuperação ambiental envolve o resgate dos animais que são encontrados na área operacional da Portonave. Os animais adoecidos são catalogados e encaminhados para centros de recuperação. Os animais exóticos são encaminhados para zoológicos da região e os animais nativos são resgatados e libertados na área de preservação permanente, uma área de 42.000 mil m² de mata nativa preservada, anexa a planta do Terminal Portuário de Navegantes.
A Portonave mantém uma cortina verde em seu perímetro, composta por espécies florestais nativas. Essa área tem a função de atenuar parte dos ruídos gerados e formar um habitat para a fauna local.
As águas subterrâneas na área da Portonave são analisadas mensalmente, através da coleta de água nos poços piezométricos e envio para laboratórios especializados. Este monitoramento permite identificar qualquer contaminação do lençol freático por produtos químicos e derivados de petróleo.
O monitoramento das águas do Rio Itajaí-Açú é realizado periodicamente pela equipe de gestão ambiental da Portonave. Com o resultado das analises é possível avaliar o comportamento do estuário e identificar possíveis contaminações por produtos químicos e derivados de petróleo.
A Portonave mantém uma equipe de emergências ambientais 24h por dia. A equipe em ação sempre que é identificada uma situação com potencial impacto ao meio ambiente, como vazamento de produtos químicos em terra e nas águas do Rio Itajaí-Açú.
A Portonave possui um sistema de drenagem de água da chuva que direciona toda água pluvial para o canal de drenagem. Neste canal impermeabilizado com manta de PEAD, é possível abrir e fechar uma comporta impedindo o contato das águas do canal com as água do rio Itajaí Açu. Em casos de vazamentos de produtos poluentes no pátio da Portonave é possível manter a comporta fechada até que se realize o atendimento emergencial. As águas do canal de drenagem são analisadas diariamente por um técnico da gestão ambiental e só são liberadas para o Rio Itajaí Açu quando atestada a ausência de qualquer tipo de contaminação.